Sistem pembelajaran di pondok ini menggunapakai sistem pengajian pondok tradisional iaitu menerapkan pemantapan kepada penguasaan kitab-kitab turath dan juga sistem tahfiz sepenuh masa. Pelajar juga akan diwajibkan untuk mengambil peperiksaan SMU, SPM dan STAM sebagai lanjutan di Pondok Modern, Kandis, Bachok sebagai saluran selepas pengajian di pondok ini untuk pengajian ke peringkat yang lebih tinggi.

Fokus mata pelajaran diniah adalah melibatkan pelajaran seperti Nahwu, Sorof, Tafsir, Fiqh, Aqidah, Tafsir dan lain-lain lagi yang akan diajar mengikut jadual yang telah ditetapkan oleh pengurusan pondok. Manakala pengajian umumi pula berpusat di masjid pondok pada setiap hari antara maghrib dan isyak terbuka kepada warga tetangga dan penduduk setempat.

Setiap hari, selepas solat subuh para pelajar diwajibkan mengikuti kelas al-Quran dan juga kelas hafazan (mengikut kadar kemampuan pelajar) . Para pelajar juga diaturkan dengan jadual pengajian yang padat supaya masa mereka lebih tertumpu kepada pengajian antara jam 8.30 pagi sehingga 11 malam.