Pondok Tahfiz Padang Bongor diasaskan oleh Al-Fadhil Baba Haji Muhammad Rusydi Bin Abdul Malek yang juga merupakan pengerusi pondok pada tahun 2007. Majlis pecah tanah pula telah disempurnakan oleh Yang Amat Berhormat Tuan Guru Dato' Bentara Setia Hj Nik Abdul Aziz bin Hj Nik Mat, Menteri Besar Kelantan juga pada 31.12.2007 pada pukul 11.00 pagi. Berbekalkan pengalaman dan hubungan yang rapat bersama dengan ulama’ dan umara’ telah mendorong beliau untuk membuka sebuah pusat kegiatan ilmu yang diabadikan untuk mendidik dan mengasuh para belia yang dahagakan ilmu agama untuk terus menyambung legasi ulama’ yang terdahulu.

Kerja-kerja pembinaan pondok ini telah bermula pada 3 Februari 2008 dengan melibatkan pembinaan masjid sebagai pusat ibadah dan kelas. Pada 4 Januari 2011 telah menjadi satu sejarah baharu di Kampung Padang Bongor apabila buat pertama kalinya sesi kelas telah dimulakan dengan jumlah pelajar yang mendaftar seramai 12 orang melibatkan tenaga pengajar seramai 3 orang . Kelas pengajian buat pertama kali dimulakan di tingkat 2 masjid pondok kerana bangunan kelas dan asrama pelajar masih dalam proses pembinaan.

Kekurangan dana dan kewangan telah membantutkan pembinaan bangunan tiga tingkat yang melibatkan pejabat, kantin, asrama pelajar dan kelas pengajian. Walaubagaimanapun dengan semangat dan kesabaran akhirnya bangunan 3 tingkat itu telah 80% siap dan boleh digunakan oleh pelajar untuk kegiatan pengajian dan penginapan yang sebelum ini berjalan di masjid sahaja.

Setelah lebih 10 tahun penubuhan Pondok Tahfiz Padang Bongor, ramai alumni telah berjaya melanjutkan pengajian ke peringkat tertinggi antaranya ke Universiti Al-Azhar, Darul Musthofa Tareem dan Kolej Universiti Islam Selangor (KUIS).

Kini, terdapat 106 orang pelajar yang menuntut di pondok berserta 13 orang guru yang dibiayai sepenuhnya oleh pengurusan Pondok Tahfiz Padang Bongor melalui hasil sumbangan orang ramai seperti derma, wakaf dan lain-lain.